第12回CMSI神戸ハンズオン:MODYLAS講習会
＜このイベントは終了致しました＞
MODYLASは、任意の分子集合体に対して大規模な分子動力学(MD)シミュレーションを行うことのできる高並列汎用ソフトウェアである。高速多重極展開法(FMM)ないしPME法による長距離静電相互作用計算をはじめ, ナノ分野・バイオ分野におけるMD計算に必要な計算手法のほとんどを備えている。
3Dトーラスネットワークに最適化したデータ構造および通信ルーチンを備え、京コンピュータおよびFX10上でのMPIおよびOpenMPハイブリッド並列による高効率な高並列計算が可能である.一般的なPCクラスター(インテルコンパイラー, PGIコンパイラー)においても動作する。
実際にMD計算を行うには、多数の原子を含む複雑な系における原子座標と力場パラメータ情報を記述した入力ファイルを生成しなければならない。これらを生成するツールとして入力支援ツールNano-Ignitionを用意している。Nano-Ignitionでは, おもにPDBファイルをインプットとして系の初期座標と力場パラメータの設定をGUI操作により容易に行うことができる。
本講習会では、Nano-IgnitionとMODYLASを用いて入力ファイルの生成からMD計算結果の解析までを実際にFOCUSスパコン上において体験していただく予定である。
是非ご参加ください。
【開催要項】
- 日 時： 平成２６年１月２０日（月） 13:00 - 16:00
場 所： FOCUS（公益財団法人 計算科学振興財団・2階 実習室）
兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル - http://www.j-focus.or.jp/
受 講 人 数： 10名（先着順）
講 師： 安藤 嘉倫 （名古屋大学大学院） - 受 講 料： 無 料
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
【実施概要】
13:00- 分子動力学法概要説明、研究事例の紹介
Nano-Ignition概要説明
MODYLAS概要説明
(休憩）
14:00- 端末セットアップ
Nano-Ignition実習
MODYLAS実習
結果の解析(エネルギー・温度・圧力のグラフ化、軌跡の可視化)
16:00 終了予定
【事前準備】
講習会では、FOCUS設置のパソコンにて以下のソフトを利用します。この場合特別な準備は不要です。お時間に余裕のある方は事前に以下のソフトを試してみてください。
また、持ち込みノートＰＣでの実習を希望される場合は、以下の必要なソフトを事前にインストールしてください。持ち込みは、ウィルスチェックが行われていることが条件となります。USBメモリーを利用することにより、FOCUS設置のパソコンにデータの転送が可能です。（USBメモリーは利用できないことが判明しました。確認不足で
ご迷惑をお掛けして申し訳ありませんが、ご了承の程よろしくお願い致しま
す。）ノートＰＣは実習で利用するスパコンの端末としては利用できません。予めご了承の程よろしくお願い致します。
☆Linux, Mac, Windows各OSに共通のもの
・openbabel
（http://openbabel.org/wiki/Main_Page）
・VMD
（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ ）
・NANO-IGNITION
（http://nano-ignition.ims.ac.jp/）
★Windows系OSではNANO-IGNITIONには以下が必要です。
・Gtk+のランタイム環境
（http://sourceforge.net/projects/gtk-win/）
・Perl(Strawberry Perl等)
（http://strawberryperl.com/）
【資料（当日使用したテキスト）】
※ 以下をご参照下さい。
【参加登録申し込み・旅費申請】
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【お問い合わせ / Contact】
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
