REIN: Replica-exchange INterface for simulating protein dynamics and function″

作者: 下敷領恵美 â 最終変更 2015年07月22日 16時38分

N.Miyashita,S.Re, and Y. Sugita,Int.J.Quantum Chem.,Vol.115,325-332 (2015)

レプリカ交換分子動力学(REMD)法は、計算生物物理・生物化学の分野で広く使われている高次構造サンプリング法の一つである。REINは、REMD計算実行用のインターフェースソフトエアであり、既存のＭＤソフトウエアをそのまま用いて、レプリカ交換計算を行うことを可能とする。REINを用いることで、周囲の環境を含めたタンパク質の構造予測や、構造変化予測、自由エネルギー計算等を効率良く行なうことができる。タンパク質の複合形成機構の理解を促進し、例えば、医学や創薬に役立つことなどが期待される。