古典分子動力学計算法の高速化2
作者: 吉見一慶
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最終変更
2014年07月29日 14時36分
2013年前期に行われたCMSI計算科学技術特論Aの講義「第13回 古典分子動力学計算法の高速化2」をもとに、古典分子動力学計算法の並列化の方法に関して解説しています。
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1. 非並列のMD計算(続き)
- Multiple time step (時間発展演算子法、シンプレクティック数値計算法) ( P.3, ビデオ画像 )
- 高速化のために ( P.7, ビデオ画像 )
- キャッシュの有効利用 ( P.10, ビデオ画像 )
- キャッシュミスについて ( P.11, ビデオ画像 )
2. MD計算の並列化
- 拘束多重極展開法(FMM) ( P.14, ビデオ画像 )
- データ構造 メタデータ法 ( P.23, ビデオ画像 )
- 通信量の最小化 ( P.25, ビデオ画像 )
- データ局在化による計算効率の向上 ( P.27, ビデオ画像 )
- ベンチマーク ( P.28, ビデオ画像 )
- MODYLAS ( P.31, ビデオ画像 )
- まとめ ( P.37 )
- 参考文献 ( P.38 )
