"Massively Parallel Implementation of 3D-RISM Calculation with Volumetric 3D-FFT"
作者: 下敷領 恵美
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最終変更
2015年01月09日 12時01分
Y. Maruyama, et al., J. Comput. Chem., 35, 1347 (2014)
3D-RISM理論は、分子の周りの溶媒を3次元分布関数として計算し、それを基に溶媒和自由エネルギーなどの物理量を求める事ができる。近年DNAや蛋白質などの研究に適用され成果を収めている。しかし、その解法に3D-FFTを利用するため、大規模並列化には向かないと考えられていた。高橋博士の開発した2次元分割の3D-FFTを組み込む事で大規模並列化を達成、京スパコン上で16,384ノードの実証計算に成功した。これにより、膜を顕に扱った膜蛋白質の計算など適用範囲の拡大が期待される。
(CMSI週刊ニュースvol.17(8.8.2014)に掲載)
