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古典分子動力学計算法の高速化1

作者: 吉見一慶 — 最終変更 2014年07月29日 14時36分
2013年前期に行われたCMSI計算科学技術特論Aの講義「第12回 古典分子動力学計算法の高速化1」をもとに、古典分子動力学計算法に関して解説しています。

(注) ビデオ画像の開始位置は、回線状況によりずれが生じる可能性があります。その場合は再読み込みを行ってください。

 


1. 分子動力学(MD)計算とは

 


2. 非並列のMD計算

  • 短距離相互作用(bookkeeoing, cell index法) ( P.15, ビデオ画像 )
  • 長距離相互作用(クーロン相互作用(Ewald, Particle msdh Ewald法)) ( P.18, ビデオ画像 )
  • 効率化のための方法 ( P.22, ビデオ画像 )
  • 拘束動力学 ( P.23, ビデオ画像 )
  • 拘束動力学 SHAKE法/RATTLE法/ROLL法 ( P.27, ビデオ画像 )
  • On the flyによる最適化 ( P.31, ビデオ画像 )
  • Multiple time step (時間発展演算子法、シンプレクティック数値計算法) ( P.32 )
  • 高速化のために ( P.36 )
  • キャッシュの有効利用 ( P.39 )
  • キャッシュミスについて ( P.40 )
  • 参考文献 ( P.42 )
  • まとめ ( P.43 )