古典分子動力学計算法の高速化1
作者: 吉見一慶
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2014年07月29日 14時36分
2013年前期に行われたCMSI計算科学技術特論Aの講義「第12回 古典分子動力学計算法の高速化1」をもとに、古典分子動力学計算法に関して解説しています。
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1. 分子動力学(MD)計算とは
- MD計算の流れ ( P.4, ビデオ画像 )
- 取り扱う原子数と周期境界条件 ( P.5, ビデオ画像 )
- 相互作用(力) ( P.6, ビデオ画像 )
- 分子モデルと運動方程式 ( P.7, ビデオ画像 )
- MD計算の例 ( P.8, ビデオ画像 )
- MD計算の歴史 ( P.12, ビデオ画像 )
- MDの現状 ( P.13, ビデオ画像 )
2. 非並列のMD計算
- 短距離相互作用(bookkeeoing, cell index法) ( P.15, ビデオ画像 )
- 長距離相互作用(クーロン相互作用(Ewald, Particle msdh Ewald法)) ( P.18, ビデオ画像 )
- 効率化のための方法 ( P.22, ビデオ画像 )
- 拘束動力学 ( P.23, ビデオ画像 )
- 拘束動力学 SHAKE法/RATTLE法/ROLL法 ( P.27, ビデオ画像 )
- On the flyによる最適化 ( P.31, ビデオ画像 )
- Multiple time step (時間発展演算子法、シンプレクティック数値計算法) ( P.32 )
- 高速化のために ( P.36 )
- キャッシュの有効利用 ( P.39 )
- キャッシュミスについて ( P.40 )
- 参考文献 ( P.42 )
- まとめ ( P.43 )