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第14回CMSI神戸ハンズオン:FUチュートリアル

作者: admin — 最終変更 2015年07月10日 14時22分
【The 14th CMSI Kobe Hands-on : FU Tutorial】
日時 2014年04月28日
13時00分 から 17時30分 まで
場所 CMSI神戸拠点(理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室)
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新規開発のソフトウェアFUの構造モデリング機能の説明と実習を行います。実習では、光合成反応中心タンパク質複合体(PSII)の構造モデル作成を行います。巨大・複雑なタンパク質複合体の、QM/MMやQM計算のための初期構造データの作成に興味をお持ちの方の参加を歓迎します。

実習は参加者各自が持参するノートパソコンで行います。パソコンは64ビットWindows7(メモリ2GB以上)を推奨します。本講習会で使用するFU(開発版)は、講習会当日にUSBメモリで配布します。

 

【開催要項】

日   時: 平成26年4月28日(月) 13:00 - 17:30
場   所: CMSI神戸拠点(理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室)
受 講 人 数: 8名(先着順)
講   師: Dmitri G. Fedorov(産業技術総合研究所)、北浦和夫 (神戸大学)
受   講   料:  無 料

主催: 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)

◆ 参加登録頂いた方には、入構証(ゲストカード)を発行します。入構証は当日、計算科学研究機構の正面玄関にてお受け取り下さい。(機構カード/理研IDカードをお持ちの方は、ご自身のカードをお使い下さい)

 

【本講習の対象者】

事前準備ができる方。

 

【プログラム】

1.13:00-13:30 FUの機能と操作法の説明
2.13:30-14:00 PSIIの構造モデリングについて
3.14:00-17:00 モデリングの実習
1)モデリングのお膳立て
2)実験構造の欠落部分の検査と修復
3)水素原子の付加と部分構造最適化(TINKERおよびGAMESSを利用)
4)全系および縮小モデルの作成
6)別途求めたOECクラスターのタンパク質への埋め込み
(随時、休憩/コーヒーブレークをはさみます)
4.17:00-17:30 質疑・応答

 

【事前準備】

GAMESSのバイナリプログラム(64ビット版)をダウンロードして正しく動作することを確認しておいて下さい。GAMESSは下記Webサイトで申し込むと、e-mailでパスワードが送られてきて、その後にダウンロードできます。
http://www.msg.ameslab.gov/gamess/
TinkerのWindows用のバイナリプログラム(64ビット版)を、http://dasher.wustl.edu/ffe/からダウンロードし、正しく動作することを確認しておいて下さい。
FUの公開版を、MateriApps (http://ma.cms-initiative.jp/ja)で“fu”を検索し、ダウンロードして下さい。ダウンロードファイルを展開するとfu-23Dec2013フォルダーができます。ここに、実行形式プログラムや説明書など一式が収められています。説明書類に目を通しておいて下さい。なお、当日配布のFU開発版には、これにfutools(コンソールアプリケーション)が追加されます。

(注意:全てのプログラムのフォルダーは、C:ドライブ直下に置いて下さい)

 

【資料(当日使用したテキスト)】

※ 以下をご参照下さい。

<開催済ハンズオン資料一覧>

 

【旅費】

旅費は、物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。

 

【お問い合わせ / Contact】

計算物質科学イニシアティブ事務局 (神戸拠点)  
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support