第21回CMSI神戸ハンズオン：MODYLASチュートリアル
| 日時 |
2015年01月30日 13時00分 から 17時00分 まで |
|---|---|
| 場所 | CMSI神戸拠点（理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室） |
| 連絡先名称 | 計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点） |
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【講義内容】
◎ 分子動力学(MD)シミュレーションによる自由エネルギー計算の基礎 ◎
分子動力学シミュレーションと熱力学的積分法の組み合わせによって、溶媒中の溶質分子間距離の関数としての自由エネルギープロフィールを計算する方法の解説、およびMODYLASを用いた演習を行います。
【開催要項】
日 時： 平成27年1月30日（金） 13:00 - 17:00
場 所： CMSI神戸拠点（理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室）
講 師： 安藤嘉倫 （名古屋大学大学院）、遠藤裕太 （名古屋大学大学院）、
小西優祐（産業技術総合研究所）、吉見一慶（株式会社 構造計画研究所）、坂下達哉（東大物性研）
定 員： ８名（先着順）
参 加 費： 無 料
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
今回の講習会は、前回のMODYLAS講習会を踏まえた内容となっております。
そのため、午後の講習会に先立って、午前10:00より前回講習会の復習講座を設けることにしました。
会場は、午後と同じCMSI神戸拠点（理研AICS・5階501号室）です。
sshによるクラスタへのログインに自信のない方の早めのご来場も歓迎いたします。
前回の講習会のスライドは下記URLにありますので、事前に目を通すようお願い申し上げます。
http://ma.cms-initiative.jp/ja/listapps/modylas/modylas_lecture/modylas_weblecture
●●● 入構カード●●●
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
【対象者】
分子動力学(MD)シミュレーションの原理をある程度理解し,MDシミュレーションによる自由エネルギー計算に
興味のある方、かつLinuxの基本操作(ファイル編集,シェルによるジョブ投入,gnuplot操作など)を行える方。
MODYLASのライセンス(www.modylas.org)に同意した上で使用いただける方。
【プログラム】
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
10:00-12:00 MODYLAS復習講座（希望者のみ）
13:00-14:00 分子動力学シミュレーションおよび熱力学的積分法の説明
14:00-15:00 MODYLASを用いた実習(1) 使い方説明およびサンプル系の平衡化
15:00-15:30 コーヒーブレーク
15:30-17:00 MODYLASを用いた実習(2) 平均力の計算および自由エネルギーの算出
【事前準備】
・実習のためにネットワークに接続できるノートパソコンをご持参ください。
ご持参のノートパソコンからクラスター計算機にリモートログインし、並列計算を実行します。
ログインは、sshの公開鍵認証またはパスワード認証で行います。お手持ちのパソコンでsshが使える環境を導入し、ログイン方法を理解しておいて下さい。
・Windows（Cygwin / TeraTermなど）
・Linux・Mac（付属のターミナル）
・MODYLAS講習会では、VMD (Visual Molecular Dynamics)という以下のソフトを用います。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Windows / Linux / Macのインストーラがありますので、持参するパソコンにインストールしておいてください。
なお、VMDのダウンロードにはユーザ登録が必要です。
・MODYLASの使い方についてはHP(www.modylas.org)にある,Reference ManualおよびTutorial資料を参照ください。
【資料（当日使用したテキスト）】
※ 以下をご参照下さい。
【旅費】
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
【お問い合わせ】
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
