第24回CMSI神戸ハンズオン：ERmodチュートリアル
| 日時 |
2015年06月12日 13時00分 から 17時00分 まで |
|---|---|
| 場所 | CMSI神戸拠点（理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室） |
| 連絡先名称 | 計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点） |
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【概要】
エネルギー表示溶液理論に基づく自由エネルギー計算ソフトウェア ERmod の講習会を開催いたします。溶液理論の概説を行った後、ERmodの説明と実習を行います。
【開催要項】
- 日 時： 平成27年6月12日 (金) 13:00 - 17:00
会 場： CMSI神戸拠点（計算科学研究機構（RIKEN AICS）5階501号室）
- 〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-26 http://www.aics.riken.jp/jp/map/
講 師： 松林伸幸（大阪大学）、坂牧隆司（クロスアビリティ）- 定 員： 8名（先着順）
- 参 加 費： 無 料
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
●●● 入構カード●●●
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
【対象者】
・ 分子動力学(MD)シミュレーションの原理をある程度理解し、汎用MDソフトウェアである Gromacs、AMBER、NAMD に経験のある方（初級レベルでよい）
・ Linuxの基本操作(ファイル編集、シェルによるジョブ投入、gnuplot操作など)を行える方
・ ERmodをもちいた溶媒和自由エネルギーの計算に興味のある方
【プログラム】
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
13:00-14:30 エネルギー表示溶液理論の概説とERmodの説明
14:30-15:00 コーヒーブレーク
15:00-17:00 実習および質疑応答
【事前準備】
実習のためにネットワークに接続できるノートパソコンをご持参ください。
ご持参のノートパソコンからクラスター計算機にリモートログインし、並列計算を実行します。
ログインは、sshの公開鍵認証またはパスワード認証で行います。
お手持ちのパソコンでsshが使える環境を導入し、ログイン方法を理解しておいて下さい。
・ Windows（Cygwin / TeraTermなど）
・ Linux
・ Mac（付属のターミナル）
【資料】
【自動インストールスクリプト】
ご自分のPCやクラスタワークステーションに、ERmodをはじめとするCMSIのアプリをインストールするには、以下の自動インストールスクリプト群が便利です。
https://github.com/wistaria/MateriAppsInstaller
gromacs, ermod, fftwなどの自動インストールスクリプトがディレクトリに分かれて置いてあります。
・intel.sh Intel CPU向きのLinux
・mac.sh Mac用
【旅費】
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
【お問い合わせ】
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
